首先，要深化對中國歷史中的思想性因素的整體觀察。由儒家經(jīng)學(xué)、諸子學(xué)說、宗教思想乃至關(guān)于科學(xué)與科技的思想所構(gòu)成的中國思想，到底包含哪些內(nèi)容，侯外廬曾經(jīng)有所概括，指出它包含三個主要層面：世界觀（哲學(xué)思想）、邏輯思想、社會意識。研究思想史關(guān)鍵是要揭示出哲學(xué)思想、邏輯思想和社會思想（包括政治、經(jīng)濟、道德、法律等方面的思想）的內(nèi)在聯(lián)系，以及這個思想體系發(fā)展的基本歷程。今天的思想史研究不僅要更加準(zhǔn)確地揭示思想體系各要素的內(nèi)在聯(lián)系，更加需要研究中國思想性因素的格局性特征，也就是各種思想體系多層次并存的復(fù)雜結(jié)構(gòu)。格局結(jié)構(gòu)是事物具有的邏輯結(jié)構(gòu)。用格局分析視角觀察思想史，思想史會呈現(xiàn)為一個由不同歷史時期、不同層次的人類心靈開顯的序列。我們會發(fā)現(xiàn)：第一，思想史不完全是真理與謬誤相廝殺的戰(zhàn)場，不完全是真理不斷戰(zhàn)勝謬誤的歷史，而是一個不斷發(fā)現(xiàn)真理、定位真理、超越真理的歷史。思想史上不同時期的每個思想體系都包含真理，但都只是特定層面上的真理。第二，任何兩個思想體系之間，或者邏輯上是等價的關(guān)系，或者是不同層面的關(guān)系。第三，相鄰層面上的思想體系之間，具有特定的反身重構(gòu)的邏輯對應(yīng)關(guān)系。

其次，要加強對中國歷史中的思想史因素的文化功能的研究。思想觀念的研究不能局限在以思想解釋思想，今天需要有更加宏大的視角，將思想的功能與文化聯(lián)系起來。思想與文化聯(lián)系密切，思想的文化作用的產(chǎn)生，總是要與人們的生活實踐發(fā)生內(nèi)在聯(lián)系，它一般表現(xiàn)為三個層面。一是改變形而上的信仰。在建立解釋自然、社會、人生的知識系統(tǒng)時，中國思想總會有一個邏輯起點，它往往成為思想最牢固的基礎(chǔ)，左右人們對于文化的信仰。只有當(dāng)這個基礎(chǔ)被動搖或被改造之后，人們對文化的信仰才會發(fā)生變化。二是滲透人們的知識體系。一定的知識系統(tǒng)總與當(dāng)時人們的思想水平相聯(lián)系。思想通過一系列相應(yīng)的概念、命題轉(zhuǎn)化為理性化的知識形式，并建構(gòu)與思想信仰相統(tǒng)一的價值趨向。思想的基本內(nèi)涵不變，知識體系不會發(fā)生變化。思想的基本內(nèi)涵變化，知識體系也將隨之變化。三是通過人們的社會生活，它既包括人們的政治生活，也包括人們的日常生活，甚至包括某些特殊的儀式和禁忌。如何準(zhǔn)確揭示思想與文化的互動，確實需要更加深入的思考。