作為兩岸交流合作先行先試的實驗區(qū)，平潭綜合實驗區(qū)最吸引人之處是它獨特的“兩岸共建”開發(fā)模式。

改革開放之初，平潭即成為最早設立臺輪停泊點、臺胞接待站和開展對臺小額貿(mào)易的縣份之一，對臺漁工勞務輸出量居大陸縣市之首。2009年，福建省大膽提出兩岸“共同規(guī)劃、共同開發(fā)、共同經(jīng)營、共同管理、共同受益”的理念，把平潭開放開發(fā)作為海峽西岸經(jīng)濟區(qū)建設的重要抓手和戰(zhàn)略突破口。為此，福建省成立了以省長為組長的領導小組，設立了平潭綜合實驗區(qū)黨工委、管委會，作為省委、省政府的派出機構(gòu)，并賦予其設區(qū)市及部分省級經(jīng)濟管理權限，向境內(nèi)外公開選拔管委會領導成員，按大部門制組建機構(gòu)，實行扁平化運作。

同時，積極探索體現(xiàn)兩岸“五個共同”的具體途徑和形式。在機構(gòu)上，成立了由兩岸產(chǎn)業(yè)團體、研究機構(gòu)、文教社團的代表和知名企業(yè)家、專家學者等組成的“促進平潭開放開發(fā)顧問團”，作為民間性議事咨詢機構(gòu)，聽取和吸納臺灣各界的意愿和設想；在共同規(guī)劃上，由臺灣中興工程顧問公司領銜、國內(nèi)規(guī)劃機構(gòu)共同參與編制《平潭綜合實驗區(qū)總體發(fā)展規(guī)劃》，并廣泛吸收臺灣企業(yè)、團體和有關人士的意見；在共同開發(fā)、共同經(jīng)營、共同受益上，制定了鼓勵臺灣各類營建機構(gòu)組成獨資、合資或合作開發(fā)主體，參與基礎設施、文教衛(wèi)生設施建設的有關政策措施。